Hardy-Weinberg平衡与检验

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：文档核对；纸面例子核算；外部分析未在本机执行。

HWE描述理想化随机结合条件下的基因型比例，偏离检验是诊断线索而不是自动删除规则。

频率和比例的区别

在二倍体双等位位点，设A和G的等位基因频率分别为p与q，p+q=1。理想化随机结合下，AA、AG、GG的预期比例为p²、2pq、q²。例如p=0.6、q=0.4时，对应0.36、0.48、0.16。这里讨论的是群体比例，不是某一个体的基因型概率已经被测定。

实际人群或育种群体的结构、亲缘、选择和抽样设计可能不符合这些条件。将不同群体混合，也可能出现与各群体内部不同的杂合比例。

检验怎样用于质控

HWE检验比较观测基因型计数与相应零假设。显著偏离可能提示分型错误，也可能与生物学或样本设计有关。低频位点、小样本和大量位点检验时，方法与门槛都需要额外考虑，不能把每个小P值当作同一种错误。

病例对照研究还需考虑在哪些样本中做检验；真实关联本身可能影响病例中的比例。软件对founder、缺失、性染色体等的处理应查对应版本文档。

练习与延伸

对100个独立二倍体个体，设观察到36 AA、48 AG、16 GG，先算等位基因计数为120 A、80 G，再验证上述预期比例。把AG减少但保持总数，思考有哪些技术或设计来源需要排查；这个纸面练习不能替代正式检验。

关联前质控见基因型质控与过滤；结构与亲缘见群体结构是什么、亲缘关系与遗传关系矩阵。深入：PLINK HWE筛选规则、PLINK基因型统计。