GWAS软件结果比较与一致性检查

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：公开小鼠七种配置及chr17对照实测；不是跨场景性能、功效或错误控制基准。

先用同一模型检查软件交接，再解释不同模型的结果；单一数据集的显著数量不构成软件排名。

固定什么才能开始比较

固定分析个体、基因型/剂量、性状与变换、位点集合、协变量、计数方向以及检验类型。记录GRM或背景预测的构建规则与缺失处理。对不同模型的比较，明确哪些因素本来就不同。

本轮数据与运行方式见公开小鼠数据贯通多软件GWAS；全部主要配置用1410个个体与8544个共同位点，PC调整配置使用同一组三个PC。

第一关：相同普通LM能否对齐

PLINK PC3与GEMMA LM经过GWAS结果字段与等位基因统一后，效应与P值接近到输出精度。52个位点翻转计数方向后才可直接比较。若这一关不通过，先检查样本顺序、协变量截距、表型列与编码，不急于解释软件优劣。

图：左侧为本例七种配置的QQ分布；右侧为同模型、同计数方向的β。PLINK PC3与GEMMA LM曲线接近重合。λ仅为诊断指标，不是校准或功效排名。

第二关：不同背景如何改变结果

本例配置	λGC约值	Bonferroni阈值下位点数
PLINK无PC	22.47	2633
PLINK PC3	6.57	681
GEMMA LM PC3	6.57	681
GEMMA LMM PC3	0.78	20
GCTA MLMA PC3	0.77	19
GCTA fastGWA PC3	1.09	32
REGENIE PC3两步	2.02	69

门槛为0.05/8544≈5.85×10⁻⁶。这里计的是位点，不是独立区域或因果机制。家系、LD、真实信号、背景近似和近端污染都会影响分布；不能凭“最接近1”或“显著最多”给方法排名。

尤其是REGENIE完成本例运行不代表已验证其适合小样本育种家系，也不代表它在大规模人类队列中表现如此。

第三关：检查背景排除对照

仅对第17号染色体做GEMMA对照：用其余染色体建立K，再检验同一条染色体的288个位点。rs6249614的P从全基因组GRM时约6.73×10⁻¹⁵变为约1.31×10⁻²⁸，同时SE发生变化。

这说明背景定义会影响检验，符合检查LOCO与近端污染的目的；它不独立证明哪一种结果是真实机制，也不是全基因组LOCO实测。

最后应交付什么

保留共同位点表、对齐规则、失败与排除列表、版本和命令、效应散点、QQ与局部区域解释。若做严谨方法评估，还需合适的无效与有效模拟、独立数据或预定验证设计；本例不提供这种全面基准。

原始方法与参数见GEMMA线性混合模型实践、GCTA与MLMA关联分析、REGENIE两步关联分析。统计边界见GWAS曼哈顿图QQ图与膨胀因子。