DNA甲基化分析入门

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：文档核对；完整流程未在本机运行。

甲基化分析需要匹配测量技术，以覆盖和重复信息估计位点或区域差异。

先区分平台

亚硫酸氢盐测序、其他转换测序和甲基化芯片的原始数据、偏倚与模型不同。不能把芯片的信号处理步骤直接套到测序计数。

对于转换测序，常见路线是读段质量检查、适配的比对、位点甲基化证据提取、覆盖与转换相关检查、位点或区域差异分析。记录背景序列类型、正反链处理、过滤和参考版本。

如何理解比例

10 个读段中 8 个支持甲基化和 100 个读段中 80 个支持甲基化，比例都是 0.8，但观测精度不同。保留甲基化与总覆盖计数，不只交付比例矩阵。多个相邻位点组成的区域还涉及相关性和区域定义。

第一轮实践

按 nf-core/methylseq 官方说明的 test profile 做环境和小数据练习。固定发布版本，确认该配置使用哪一种测量与参考。输出检查覆盖分布、位点上下文及甲基化计数；差异区域需另外使用适合实验设计的统计方法分析，并核对区域定义与重复。不要把基础流程测试成功当作差异分析或生物学验证完成。

完整流程尚未在本机运行。阈值与模型应结合生物学重复与技术重复和P值效应量与多重检验，转换平台特有指标需继续查官方文档。

统计基础与验证入口

表观组峰与调控证据验证补充本任务所需的统计或验证判断。分析前先确认统计方法选择与分析计划，结果解释时区分组学验证的层级与证据。

对应方法与深入

差异峰与差异甲基化方法解释输入条件和适用边界；软件运行步骤与方法假设一起核对。