BLUPF90单步遗传评估流程 - SpiralKernel/bioinfo-wiki GitHub Wiki
BLUPF90单步遗传评估流程
更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方文档与原始研究核对；本页命令模板未在本机运行。
从重编号与参数文件开始，组织方差估计、ssGBLUP预测和结果映射。
软件家族与适用任务
BLUPF90是一组遗传评估程序，可处理系谱和基因组信息。当前官方程序页的blupf90+整合传统BLUP及REML/AI-REML功能；旧教程的程序拆分与当前发行版不完全相同。本项目未安装运行这一软件家族。
获取程序前核对官方程序页的使用条件。当前研究用途发行说明存在分型个体数量等限制，不能默认所有规模和使用场景无限制免费。
第一步：定义统计模型与编号
先写清观测性状、固定效应、遗传随机效应、额外环境效应和残差结构，再对照官方示例构造参数文件。RENUMF90负责重编号和相关预处理，保留原始ID、内部编号和基因型编号的映射。不要手动对多个文件分别重新编号后直接拼接。
准备数据列映射、系谱、基因型及分型ID清单。可从作者维护的逐步教程和对应数值例子选择与模型匹配的起点。具体参数文件与效应数量、列位置、是否重复记录及矩阵设置有关，不能给所有项目共用一份未经核对的完整参数文件。
第二步：在官方例子跑通程序链
按所下载发行版的官方说明，先准备 model.par，启动：
renumf90
交互提示时输入参数文件名。检查生成的 renf90.par、重编号数据、系谱和映射文件后，再按当前CLI格式运行：
blupf90+ renf90.par
当前BLUPF90+默认按BLUP模式求解；OPTION method VCE用于方差组分估计，OPTION method BLUP用于给定方差求解，具体选项见BLUPF90+官方说明。这只是程序入口，统计模型、方差估计或已知参数求解的选项仍由参数文件控制。不要把成功退出当成已经进行了所需REML估计。先保存官方例子日志，再一次只替换一类输入并核对计数。
基因组与单步步骤
基因组预处理用于检查标记、构建或处理关系矩阵。PREGSF90相关功能在一些现代程序链中会自动调用，需核对版本与日志，避免重复预处理或重复应用矩阵调整。
单步法将系谱A和基因组G组合成统一结构，见系谱BLUP与单步ssGBLUP。重点检查G与A22的基准、个体顺序、缩放/混合、逆矩阵设置与分型样本过滤。一旦改变矩阵设置，要重新记录模型，不能只更新输出文件名。
结果与辅助程序
| 功能 | 程序家族中的相关入口 | 检查重点 |
|---|---|---|
| 预处理、重编号 | RENUMF90 | 原始ID到内部编号映射 |
| 评估、方差估计 | BLUPF90+等 | 实际运行模式、方差、收敛、解文件 |
| 标记效应回推 | POSTGSF90 | 标记顺序、关系基准与尺度 |
| 基因组预测值应用 | PREDF90等 | 候选基因型与标记方向 |
| 验证与拟合诊断 | VALIDATIONF90、PREDICTF90等 | 可用信息时点、评价量定义 |
按实际发行版选择程序与参数。解文件的效应编号、性状编号和内部ID必须结合参数文件与映射解释。只提取加性遗传项作为相应EBV/GEBV；固定效应、环境项和残差分别保留。
迁移到真实项目
先小样本复现，再逐步增加完整系谱和基因型。检查亲本矛盾、谱系循环、丢失分型个体及参数边界。验证采用符合下一世代或候选群体目标的划分，避免用包含测试信息的完整EBV作训练目标。