ATAC-seq入门与实践

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：文档核对；完整流程未在本机运行。

从可及性测序读段得到区域信号与差异分析，重点检查信号质量、重复一致性和共同计数区域。

输入与主要步骤

输入为 FASTQ、样本表、匹配参考及注释。ATAC-seq 反映可及性相关信号，不直接测量基因表达或某个特定蛋白的结合。

阶段	产物	检查点
读段质量与比对	BAM、质控报告	接头、比对、参考和片段分布
过滤与信号处理	可用片段、信号轨迹	重复、线粒体、黑名单及处理口径
区域识别	峰集合	TSS 富集、FRiP、重复一致性
共同区域计数	区域×样本矩阵	区域定义、样本对应、计数单位
差异与注释	差异区域及注释	重复、模型、FDR、基因连接依据

定义见峰与FRiP及TSS富集。最近基因注释只是一种关联规则，远端峰不能仅凭邻近位置就断言调控某个基因。

第一轮实践

从 nf-core/atacseq 使用说明选择官方测试配置，固定版本后运行其 test profile；记录实际启用的参考和参数。先解释一份质量报告、一组重复的信号轨迹和一个峰记录，再扩展到差异分析。

流程尚未在本机运行。自有物种的染色体、线粒体名称、黑名单、TSS 注释与峰调用设置应单独核对，不能复制人类资源。

深入标准见 ENCODE ATAC 数据标准。衔接RNA-seq从计数矩阵到差异表达与多组学整合入门与实践。

统计基础与验证入口

表观组峰与调控证据验证补充本任务所需的统计或验证判断。分析前先确认统计方法选择与分析计划，结果解释时区分组学验证的层级与证据。

对应方法与深入

差异峰与差异甲基化方法解释输入条件和适用边界；软件运行步骤与方法假设一起核对。