ASV与微生物多样性 - SpiralKernel/bioinfo-wiki GitHub Wiki

ASV与微生物多样性

更新:2026-10-13;状态:可用;验证范围:文档核对;完整流程未在本机运行。

ASV 是扩增子分析中的序列特征,群落多样性指标则从不同角度概括样本内和样本间差异。

ASV(amplicon sequence variant)由相应去噪流程得到,不自动等于一个物种。相同序列可能对应多个分类单元,分类分辨率受标记区域和参考资源影响。

alpha diversity 描述样本内多样性,beta diversity 描述样本间差异。丰富度、均匀度、丰度差异和系统发育距离不是同一件事。距离矩阵的 PCoA 与对特征矩阵做 PCA 也不同。

比较多样性前,说明测序深度、过滤、稀释或其他处理、指标定义及独立单位。操作见微生物组分析入门与实践。

详细定义与数据结构见 QIIME 2 概念总览。