蛋白质鉴定FDR与差异丰度

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：原始研究和官方资料核对；方法说明，未运行完整专业分析流程。

谱图鉴定错误控制与样本间丰度差异是两类统计问题，肽段汇总和缺失需单独处理。

从谱图到蛋白

谱图匹配PSM、肽段和蛋白组是不同层级。target-decoy通过目标/诱饵搜索的相应假设估计鉴定错误，阈值和汇总层级要记录；PSM FDR不能直接当作蛋白组FDR。

共享肽段使蛋白推断并不唯一。某个蛋白组被鉴定，不表示每个候选同工型都已独立确认。

从鉴定到定量

强度、同位素标签或其他量化有不同误差结构。归一化、批次、肽段到蛋白的汇总及检测限缺失都会影响比较。所有未检出补零会制造差异，简单删掉所有缺失也可能选择偏差。

MSstats等模型工作流需符合输入、设计和估计目标；鉴定通过后，差异检验仍要做其自身多重校正。蛋白数量增加与活性变化也不是同一结论。

交付

分别保存鉴定层级/FDR、量化单位、共享肽段规则、缺失处理、设计、差异效应/区间/FDR。进一步验证见蛋白质组与代谢组验证设计。

本页未运行质谱搜索或MSstats。依据：target-decoy原始论文、MSstats官方入口。