蛋白质组入门与实践

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：文档核对；完整流程未在本机运行。

将质谱证据或蛋白定量表连接到可解释的蛋白层面比较，先区分鉴定、定量和差异检验。

从哪里开始

原始谱图需要对应采集方式和检索/定量软件，DDA、DIA、标签定量与无标签定量不应共用一套未经说明的参数。若已有蛋白矩阵，先确认数值单位、前序过滤、蛋白组定义与缺失处理。

关键步骤与检查

1. 记录样本、批次、参考蛋白库版本、污染物与诱饵策略。
2. 核对肽段/蛋白鉴定与定量质量；不同层级的 FDR 不能相互替代。
3. 审查共享肽段和 protein group，保留可追溯标识。
4. 检查强度分布、缺失与批次，按采集方式选择标准化和模型。
5. 同时报告效应、统计证据、可定量样本数及注释映射。

第一个实践

已有定量矩阵时，先按样本表与数据审计实践审计，再比较两个样本的强度分布、样本 PCA 与缺失图；尝试保留与改变合理缺失处理策略，观察结论敏感性。原始 DIA 分析可深入 nf-core/diaproteomics 1.2.3 的输入与谱库说明。

本机尚未运行质谱完整流程。不能把未检测到某蛋白直接解释为不存在，也不能把鉴定 FDR 当作差异检验 FDR。前置见缺失值与零值、计数丰度与标准化，表达层比较见多组学整合入门与实践。

统计基础与验证入口

蛋白质组与代谢组验证设计补充本任务所需的统计或验证判断。分析前先确认统计方法选择与分析计划，结果解释时区分组学验证的层级与证据。

对应方法与深入

蛋白质鉴定FDR与差异丰度解释输入条件和适用边界；软件运行步骤与方法假设一起核对。