蛋白质组与代谢组验证设计

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：原始研究与官方规范核对；实验设计说明，未执行湿实验或真实组学验证。

把分子鉴定、定量质量、差异统计和独立生物学验证分开记录。

首先确认测到的是什么

蛋白质组应区分谱图、肽段和蛋白组，检查共享肽段、鉴定FDR、缺失与批次。鉴定FDR与蛋白差异检验FDR不是同一个量，不能用前者替代后者。

代谢组的一个峰或m/z特征不自动等于唯一代谢物；异构体、加合物和碎片会影响注释。相同分子式或数据库命中不等于确认鉴定，需报告实际证据级别。

对应的验证路径

目标	常见证据	仍需检查
蛋白丰度差异	靶向质谱或合适的免疫检测	特异性、检测范围、归一化与独立样本
代谢物身份	标准品及匹配的保留/碎裂等证据	是否在可比较条件下测定、是否区分异构体
定量可靠	QC、内标、重复测量、漂移和空白检查	这些通常不是生物学重复
新样本复现	预先冻结分子、方向与统计模型	批次、组织、采样和储存可比性

Western blot等测量也需要特异性、未饱和定量及适当归一化。RNA表达变化不能单独替代蛋白丰度验证；蛋白丰度也不直接等于活性或翻译后修饰状态。

统计与预测检查

强度变换、缺失/未检出机制和归一化会影响差异推断。不能把所有未检出值随意填0，也不应使用全体标签挑特征后再声称独立验证PLS-DA或分类器。

若目标是候选面板预测，按分类指标ROC与PR曲线报告冻结阈值、校准及外部表现；若是组间差异，报告效应、区间和多重校正。二者不是同一种验证。

交付材料

保存原始特征、注释层级、定量单位、缺失处理、QC、候选选择、独立验证结果及阴性结果。原始分析入口见蛋白质组入门与实践、代谢组入门与实践。

规范依据：HUPO-PSI MIAPE、MSI化学分析报告原始标准。