育种值GEBV准确度与可靠度

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方文档与原始研究核对；本页命令模板未在本机运行。

区分加性遗传价值、预测表型、表型相关、真实育种值准确度和基于PEV的可靠度。

育种值是什么

在给定群体和遗传基准下，育种值是个体加性遗传效应的总和，代表可传递遗传贡献的一个尺度。EBV是估计育种值；GEBV强调估计利用了基因组信息。它们都依赖模型、参考群体和基准，不能直接跨项目比较数值大小。

在模型 $y=Xb+u+e$ 中，$u$ 是遗传效应，$Xb$ 包含均值、性别、批次等固定效应。预测表型 $X\hat b+\hat u$ 与GEBV $\hat u$ 不同。若模型包含母体、共同环境或显性效应，还要区分每类随机效应，不能把所有随机效应相加就称为加性育种值。

四个常见量

名称	定义或常见形式	能说明什么
表型预测能力	测试集 $\operatorname{cor}(y,\hat y)$，或明确调整后的表型与GEBV相关	对指定观测目标的预测相关
育种值准确度	$\operatorname{cor}(u,\hat u)$	真实育种值与估计的一致程度；真实数据通常不能直接观测u
模型可靠度	常用 $1-\mathrm{PEV}i/(\sigma_a^2 K{ii})$	给定模型与方差参数下，误差方差相对先验方差的降低
预测误差方差PEV	$\operatorname{Var}(u_i-\hat u_i)$	模型下对某个估计的不确定性衡量

准确度的平方与可靠度的关系有模型假设及定义前提。软件计算PEV时对固定效应、方差参数不确定性的处理可能不同，应查看所用接口。可靠度不是留出集Pearson相关，也不是回归模型的观测R²。

实际评价应该同时报告什么

至少报告测试目标、划分方式、样本数、相关、MSE或RMSE及偏差诊断。检查“观测值对预测值”的回归斜率，并注明回归方向；斜率含义受到表型噪声与固定效应处理影响。只报相关可能掩盖整体偏移或预测尺度不对。

有些研究用表型相关除以遗传力平方根近似准确度，这需要符合目标群体的遗传力、相应表型处理和误差假设；不能把任何相关一律这样换算。用已有EBV或去回归证明作为目标，也必须说明其可靠度、权重及是否包含验证个体自身或后代信息。

教学例子

合成家系数据贯通GS保存人工数据的真实遗传值，仅用于评价。因此能同时报告表型相关与真实育种值相关。真实项目没有这样的真值文件；不能把训练拟合值冒充真值。

矩阵记号见GBLUP与rrBLUP原理及实现。PEV接口与可靠度示例见rrBLUP官方手册。