群体遗传学分析学习路线

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：原始研究和官方资料核对；方法说明，未运行完整专业分析流程。

从频率和可检测位点进入多样性、分化、祖源、近交与历史，区分描述与过程推断。

前置知识

SNP与基因型是什么 → VCF与基因型编码 → 基因型质控与过滤 → 等位基因频率杂合度与核苷酸多样性。特别注意倍性、缺失、可检测不变位点和群体定义。

分问题学习

1. 结构探索：PCA原理与实现、祖源推断与混合群体模型。
2. 多样性和差异：等位基因频率杂合度与核苷酸多样性、FST与群体分化估计。
3. 相关和近交：亲缘关系与遗传关系矩阵、LD衰减与遗传距离分析、亲缘近交与ROH分析。
4. 过程：有效群体大小漂变与近交、选择中性模型与群体历史。
5. 推断：选择扫描与中性替代解释、群体历史共祖与有效群体大小推断。

计算从人工数据贯通群体遗传统计开始，真实输入与工具查群体遗传软件与输入选择。需要写脚本时读R与Python生信编程入门路线。

和GWAS/GS的边界

群体遗传主要讨论遗传变异模式及过程，GWAS关联性状，GS预测遗传价值。共同输入不代表目标相同；LD剪枝、位点过滤和样本分组的适用规则也不统一。

一张PCA或祖源条形图不能直接给出历史、选择或迁移时间。多个统计量的候选区域需要质量、替代模型和独立证据。

本轮人工数据为已知完整二元单倍型，不是实际物种或软件基准。专业祖源、ROH、选择和历史软件未运行。