祖源推断与混合群体模型

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：原始研究和官方资料核对；方法说明，未运行完整专业分析流程。

祖源成分是特定数据和模型下的统计表示，K与颜色不自动对应真实历史群体。

模型在做什么

PCA描述变异方向，ADMIXTURE等模型拟合相应潜在成分与样本比例；两者都受样本选择、亲缘、标记和LD影响，却不是同一统计模型。

模型中的K是设定的成分数，不应直接读成“真实祖先数”。一个成分颜色不能自动等同物种、地区或历史民族身份。连续地理结构也可能被离散成分近似。

设计与核查

先做样本和位点质控、亲缘检查及适当LD处理；比较多个K、初始化与交叉验证结果。不同运行成分可能置换，需要对应比较；不能把颜色变化直接当生物学变化。

低覆盖硬分型会引入偏差，可考虑基因型似然相关方法，但输入、过滤和软件假设需单独核对。监督参考面板和无监督分析也不同，参考缺失或选择会改变比例解释。

报告

报告样本集合、群体定义、参考版本、标记过滤、LD、K/种子/迭代、模型及不确定性。历史时间和迁移方向需要额外模型，混合条形图不能直接给出。

本页未运行祖源软件。依据：ANGSD基因型似然、ADMIXTURE原始论文。前置见群体结构是什么。