生物学重复与技术重复

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：文档核对；操作需按所用环境验证。

生物学重复体现独立生物单位的变化，技术重复衡量同一材料的测量变化。

先确定独立单位

六只动物各测一次，通常提供六个动物层面的重复；同一动物的材料分成六管，并不会自动形成六个独立动物。实际独立单位也可能是培养物、笼位、个体或供体，取决于干预在哪个层级分配。

单细胞实验中，大量细胞来自少量供体。比较供体分组时，应考虑供体这一层级，不能用细胞数替代供体数。成对和纵向样本也需要记录个体标识与采样时间。

实践检查

在样本表分别保存 sample_id、subject_id、组别、时间和技术批次。技术重复是否合并、在哪个阶段合并，要与测量方式和统计模型一致。见样本表与数据审计实践和线性模型与混合模型。

需要深入处理设计矩阵、配对与对比时，参考 Bioconductor 设计矩阵教程。

真实配对计数练习

公开airway数据贯通DESeq2有4条细胞系、每条两种状态，共8个计数文库。配对单位与观测行数分别说明，不能简单称为8个独立重复。设计接口见RNA设计矩阵配对与对比方向。