测序错误重复偏差与嵌合体

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方平台资料与原始研究核对；原理及判读，未执行湿实验或平台测序。

错误、重复和偏差影响不同层面，更多读段无法自动修正系统性问题。

先区分现象

替换、插入和缺失是序列错误类型；GC相关覆盖、片段选择和扩增效率产生抽样偏差；PCR复制、光学重复等影响读段与原始分子的关系。嵌合体连接不应相连的模板部分，需结合来源判断。

PCR早期错误可被后续许多拷贝继承，大量支持read未必来自许多独立分子。真实结构变异、样本混合和技术嵌合也不能仅凭一条异常比对区分。

去重不是通用删重

随机打断、扩增子、UMI和RNA文库的重复来源不同。同坐标可来自不同原始分子，高表达区也可出现相同序列。UMI需结合位置、基因、细胞和标签错误处理，不能全文件按同一字符串合并。

PCR-free不消除所有技术偏差，还需明确它指哪个阶段；见DNBSEQ测序与滚环扩增和Illumina合成测序与簇信号。

保存什么

记录文库类型、重复标记/去重规则、覆盖变化、长度与GC分布、污染线索及失败区域。不同平台的Q阈值不宜无条件通用。

来源：fastp、索引串样说明。判读见测序质控工具选择与报告阅读。