比对相似性同源性与覆盖率

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：文档核对；操作需按所用环境验证。

比对是建立位置对应，相似性是可度量的观察，同源性是关于共同演化来源的推断。

分清指标

identity 是比对区域中相同字符所占比例；覆盖率说明比对覆盖查询或目标序列的多少部分。必须说明分母以及多个局部命中如何汇总。

一段很短的区域达到高 identity，不等于整条序列高度相似。同源性不是“80% 同源”这种连续分数；通常讨论的是是否存在共同来源，以及证据支持哪种关系。

结果阅读顺序

先看程序、数据库和序列类型，再看比对区间、长度、coverage、identity、score 与 E-value。低复杂度、重复区域和数据库规模均可能影响解释。

下一步读Smith-Waterman局部比对和BLAST原理与种子延伸。统计细节见 NCBI 序列相似性得分教程。