正负链坐标与转录方向

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：人工基因案例与实际工具输出核对；具体已测范围见正文。

基因组坐标沿参考序列编号，负链转录本沿相反方向读取；两套表示必须分清。

保留参考方向

VCF的REF/ALT按参考基因组序列方向书写。基因在负链并不要求把VCF反向互补。负链转录本的5′端常位于更大的基因组坐标，转录方向与编号递增方向相反。

取负链CDS时需要反向互补，并按转录方向排列片段。仅把片段顺序倒过来、却不互补碱基，得到的是错误序列。

可核对的例子

人工模型txMinus的基因组变异chrToy:996 G>A，SnpEff实际得到c.5C>T和p.Ala2Val。G对应负链转录本的C，A对应T；这两种写法描述同一事件，不能据此认定等位方向矛盾。

负链上的“上游”也不能机械写成坐标更小。报告距离时应声明是无方向距离，还是相对于基因/转录方向的有符号距离。一个基因有多条转录本时，TSS可能也不同。

先学基因组坐标与区间再做人工基因贯通区间注释与后果提取；GFF链和phase约定见GFF3规范。