微生物组分析入门与实践

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：文档核对；完整流程未在本机运行。

先区分标记基因扩增子和全样本宏基因组，再选择特征构建、分类与群落比较路线。

两种数据不能混用流程

扩增子分析针对特定标记区域，常形成 ASV 表和分类注释；宏基因组测量混合 DNA，可能做读段分类、基因功能分析，或组装与分箱。扩增子分类结果不能直接当成实测功能基因。

扩增子路线与实践

输入读段和样本表，检查质量、去噪及嵌合体处理，构建特征表与分类结果，再进行多样性及适用的组间比较。按 QIIME 2 Gut-to-soil 教程的公开数据完成导入、质量图、特征表和一个群落比较。

完成标准是解释过滤前后读段量、ASV 和分类级别，以及测序深度对样本保留和指标的影响。去噪与截断参数根据质量和读段重叠决定，不直接复制其他研究的数字。

宏基因组路线与实践

检查读段质量和研究对象以外的混入数据，明确参考库或组装路线。若目标是组装和分箱，参考 nf-core/mag 官方小数据与使用说明，检查组装、分箱质量、冗余及参考数据库版本。

本机未执行这些完整流程。相对丰度数据具有组成约束，零值与缺失、批次、测序深度和独立重复都需要在统计阶段考虑。前置见ASV与微生物多样性、计数丰度与标准化和生物学重复与技术重复。

统计基础与验证入口

微生物组差异与验证设计补充本任务所需的统计或验证判断。分析前先确认统计方法选择与分析计划，结果解释时区分组学验证的层级与证据。

对应方法与深入

微生物组组成差异与多样性方法解释输入条件和适用边界；软件运行步骤与方法假设一起核对。