差异峰与差异甲基化方法

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：原始研究和官方资料核对；方法说明，未运行完整专业分析流程。

峰内计数、甲基化覆盖和区域汇总有不同生成过程，差异推断不能只比较有无峰。

差异峰

峰调用判断局部富集，条件间差异通常需要共同分析区域内的样本计数及设计。分别调用两组峰后用有无判断差异，会混入深度和门槛变化。

共同区域的合并策略、峰宽、背景、重复及归一化影响比较。DiffBind等工作流还需明确计数来源、控制和对比，不能只输入两个BED就宣称生物学差异完成。

差异甲基化

位点甲基化常以甲基化计数/有效覆盖描述，比例0.5来自2/4和50/100的精度不同。可考虑与覆盖和离散相容的模型；DSS使用相应统计框架，配对、多因素和重复设计需逐接口核对。

DMP针对位点，DMR还涉及区域平滑、聚合或阈值。不能把所有区域当相互独立，也不能忽略参考、CpG覆盖、细胞组成和转换质量。

解读

报告区域/位点集合、覆盖筛选、设计、效应、区间和FDR；开放、结合和甲基化变化不直接证明最近基因调控。验证见表观组峰与调控证据验证。

本页未运行专业软件。依据：DiffBind手册、DSS教程。