峰与FRiP及TSS富集 - SpiralKernel/bioinfo-wiki GitHub Wiki
峰与FRiP及TSS富集
更新:2026-10-13;状态:可用;验证范围:文档核对;完整流程未在本机运行。
峰是相对背景具有信号富集的区域,FRiP 和 TSS 富集用于从不同角度评价部分染色质测量。
峰的边界取决于数据、背景和调用方法,不等于真实调控元件边界。窄峰与宽峰适用的信号结构不同。
FRiP 是按特定统计口径落在峰区中的读段或片段比例;应记录分母、峰集、是否去重及过滤规则。TSS 富集衡量转录起始区域附近的信噪特征,受参考注释与算法影响。
比较两个项目的数字前,先核对口径。某个项目的推荐阈值只适用于相应测量与标准,不自动成为所有物种或实验的合格线。
实践见ATAC-seq入门与实践和ChIP-seq入门与实践。定义与标准见 ENCODE 术语表和ATAC 标准。