小RNA分析入门与实践

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：文档核对；操作示例未在本机运行。

小RNA测序关注短RNA群体，接头处理、长度选择和注释分配直接影响计数。

与常规RNA-seq有什么不同

小RNA建库选择的分子长度和接头结构不同，常见目标包括miRNA等短RNA。因为插入片段短，读段经常读入接头；是否正确识别接头会明显改变有效序列。不能直接照搬常规mRNA的全部预处理和定量规则。

从读段到计数

准备样本表和实验接头信息 → 原始质控 → 接头去除与长度检查 → 按注释及任务比对或定量 → 查看RNA类别组成和多重匹配 → 汇总计数 → 使用符合设计的差异模型。某些研究需要区分成熟miRNA、前体和序列变体，必须说明计数归属规则。

短序列更容易匹配多个位置；注释版本及类别竞争会改变分配。记录物种、组装、miRNA数据库版本、接头序列来源、长度门槛和多重匹配处理。未知RNA占比高时回查文库和注释，不应只删除后报告剩余部分。

官方实践入口

按nf-core/smrnaseq用法选择固定release，先读取该版本样本表结构和支持的参考配置，再运行官方测试。本机尚未执行此流程；实际运行需保存命令、容器、软件版本和测试日志。

完成后检查每个样本的有效读段数、长度分布、miRNA比例、计数矩阵和样本对应关系。差异分析仍以生物学重复与技术重复为基础；定量方法与RNA-seq从计数矩阵到差异表达可有相通之处，但输入和注释假设应单独核对。

可以支持什么结论

丰度变化首先说明测量到的小RNA水平差异；计算预测的靶基因不是已证实调控关系。靶基因富集需要明确候选来源、背景及多重检验，见富集分析与GSEA。

深入：nf-core/smrnaseq项目与输出文档入口、FASTA与FASTQ、计数丰度与标准化。

测序技术与上游输入

RNA测序建库选择与偏倚说明长度、连接和富集的影响；用从样本到FASTQ的交接与质控核对接头和布局，避免套用普通WGS剪切。