小变异检测的似然与局部组装

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：官方文档与原始研究核对；专业检测命令为模板，未执行完整真实数据流程。

调用器利用有误差的reads评估候选等位和基因型，输出不是简单数不同碱基。

两条基本思路

Pileup方法在参考坐标下汇总测序证据，结合碱基/比对质量与模型评估基因型；局部组装方法在候选活跃区域构建单倍型，再比较reads与候选单倍型的相容性。错误、相邻Indel与重复可能使仅按单点计数困难。

似然描述给定基因型下观察reads的相容程度；先验与候选生成影响后验/调用。覆盖增加不自动修复系统性映射错误。GQ是模型条件下的质量量，也不是经过任意新数据校准的真实错误率。

例子与检查

10条REF、10条ALT支持不能独立确定真实杂合：这些reads是否唯一定位、独立分子、两链均有支持、远离高错误位置？相邻两个替换也可能处于同一单倍型，改变表示会影响逐记录比较。

人工VCF贯通变异分类与提取用40条人工SAM比对记录运行bcftools mpileup/call，在已知位置得到0/1；没有运行真实比对器，也不证明Indel、复杂区域或平台整体准确度。

流程见短读长SNP与Indel检测流程。模型来源：bcftools调用说明、HaplotypeCaller原理。