定相与基因型填充

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：文档核对；纸面例子核算；外部分析未在本机执行。

定相推断等位基因位于哪条单倍型，填充推断未观测基因型，两者都需保留不确定性。

两个问题分别是什么

二倍体在两个位点都为A/G时，未定相基因型不告诉你两条染色体上的组合。定相尝试恢复单倍型上的等位基因排列。基因型填充则利用已观测标记、相关模式及可用参考，推断未直接测量或缺失位点的基因型。

定相与填充在一些工具流程中相互联系，但不等于同一任务。结果依赖目标样本质量、参考群体匹配、标记覆盖、遗传图谱和模型，不能把软件输出直接当作确定的真实基因型。

输入与检查

准备质控基因型、参考组装、适用参考单倍型与必要图谱；对齐位点、REF/ALT和方向，检查重复、多等位及版本问题。A/T、C/G等回文位点的链方向仅凭等位基因字符可能无法解决，需要额外信息与清楚规则。

输出可能有硬基因型、概率和剂量。若P(GG)=0.2、P(AG)=0.6、P(AA)=0.2，则G的期望剂量为2×0.2+1×0.6=1.0；它并不表示已经确定是AG。更多编码见SNP与基因型是什么、VCF与基因型编码。

如何判断可用性

按工具定义检查填充质量、频率、参考匹配与异常位点；不同工具的INFO或R²类指标不能不看定义就直接互换。可以在允许的评估设计中遮蔽一部分真实分型作验证，按频率分层查看准确性，并保留完整处理记录。

本页只解释概念，没有执行参考面板填充。实际选择软件及阈值前读Beagle官方手册入口及其版本说明；交接到GWAS从数据准备到结果解释时确认模型实际使用剂量还是硬调用。

相关：连锁不平衡与LD剪枝、基因型质控与过滤。

上游分型与表示

先确认GVCF联合分型与参考置信度、VCF标准化多等位拆分与表示和分型质量；表示转换中的GT重编码不是额外获得相位。缺失填充也不能替代原始测序证据的质量评估。SV/STR等类型是否支持定相/填充需按专门模型确认。