同源正交旁系与基因家族

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：官方文档与方法来源核对；本页专业软件模板未单独执行。

序列相似可以支持同源推断；把其他物种的功能转给候选基因还需要区分物种分化、复制和家族历史。

三个层次

同源表示共同祖先关系。正交同源主要由物种分化形成；旁系同源主要由基因复制形成。一个家族可同时含多种关系，经历复制与丢失后也可能是一对多或多对多。

最高相似命中和互为最佳命中是可用线索，但不是任何场景下的正交证明。结构域共享、短片段、组装缺失、串联复制都可能让简单匹配误导。基因树、物种树与共线性可以提供额外证据。OrthoFinder官方说明介绍orthogroup及相关推断；本轮未运行该软件。

候选表怎么写

保留源物种、目标物种、双方稳定ID和版本、推断方法、家族关系、相似覆盖及功能证据来源。若只有相似序列命中，表述为“与已知基因相似，提示……”并说明推断范围；不能直接写成已经具有相同功能。

育种物种存在重复和多倍化时尤其要防止多个拷贝混为一个。继续读基因标识符与同源基因、多倍体基因型与等位剂量。