变异注释与候选证据整理

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：候选解释与VEP为文档指南；关联人工SnpEff构库与后果提取案例已执行。

注释把变异映射到转录本与已知资源；候选优先级需要多种证据，注释后果并非功能定论。

输入与前提

准备质控后的VCF、匹配的参考组装与注释版本，见基因组重测序与变异检测。确认物种、染色体名称、REF一致性、多等位位点处理和坐标规范。只有位置没有等位基因时，许多后果无法准确判断。

从位点到注释表

以VEP为例：用少量已知记录验证输入 → 选择匹配的软件及cache版本 → 注释转录本后果 → 核对未匹配与警告 → 根据研究问题整理候选表。命令与支持的物种以所用版本官方教程为准，本页没有运行本地VEP。

同一变异可影响多个转录本，有的为错义、有的在非编码区；不要无说明只保留一个最严重标签。若选择代表转录本，报告选择规则。missense指编码变化造成氨基酸替换，synonymous指编码变化不改变对应氨基酸；这些标签本身不证明是否影响表型。

整理可追溯证据

候选表至少包含：组装、位点、REF/ALT、基因与转录本版本、注释后果、频率来源、统计结果、工具预测及对应证据链接。区分统计关联、计算预测、功能测量和独立验证；数据库未收录也不等于没有效应。

GWAS峰通常包含连锁不平衡与LD剪枝相关的一组位点。最近基因只是候选之一；关联位点可能标记另一个变异，也可能作用于远端区域。结合GWAS从数据准备到结果解释，避免从一个显著位点直接跳到已证实机制。

练习接口

从官方VEP教程的小输入开始，找一个有多个转录本后果的位点，检查所有记录与所选代表记录的差别。再解释为什么“高影响预测”仍不足以独立支持功能结论。

深入：Ensembl VEP说明与教程入口、SnpEff输出字段、基因标识符与同源基因。

注释前先统一表示

先按VCF标准化多等位拆分与表示保留规范等位与原始记录映射。用坐标/基因区间筛选只回答位置重叠，不等于已判定转录本后果；SV、CNV/PAV与重复变异还需相应类型的影响与证据整理。

提取目标类型见按类型提取SNPIndel与结构变异，可检测范围及真值比较见变异评估真值集合与可检测区域。

已运行的注释入口

先按变异注释与功能解释学习路线学习基因模型，再运行人工基因贯通区间注释与后果提取。本轮SnpEff实际完成3条CDS/蛋白核对、负链后果和多ALT关联；VEP本地流程仍未执行。

具体操作分到SnpEff自建数据库与后果解析、VEP缓存离线注释与CSQ和按基因转录本与后果提取变异。候选映射的歧义见区间重叠最近基因与候选映射，浏览器与证据记录见基因组浏览器检查与候选证据。