变异检测结果交付与审计 - SpiralKernel/bioinfo-wiki GitHub Wiki

变异检测结果交付与审计

更新:2026-10-15;状态:可用;验证范围:对应人工/官方微型案例已实际运行;具体范围见正文。

每类结果都保存原生输出、统一表、过滤理由、可调用范围和验证证据。

统一交付字段

样本与平台、参考/资源版本、调用器/模型、命令与输入SHA;原始记录ID、变异类型与表示、GT/剂量、支持/质量、过滤原因;转换和事件合并映射;可调用/不可判定区域与评估设置。

SNV/Indel关注REF/ALT与分型;SV保留连接/序列及事件层级;CNV保留基线和分段;重复保留每个等位的长度/组成;TE保留家族与两侧证据;PAV保留unknown。不要为了统一一张表而删掉类型特有字段。

验证层级

先检查文件格式和索引,再查样本、参考、字段语义,随后做小范围真值/对照及独立证据。多个调用器一致仍可能共享比对或参考偏差;交并集不能自动当真值。

本轮发现Sniffles force原生FORMAT数量与样本表头问题,原文件保留,派生兼容副本只做明确、受限修正并记录SHA。命令退出0也需要文件核验。详见人工长读长贯通SV调用与评估。

后续连接SV事件匹配与一对一评估、变异注释与功能解释学习路线及组学验证的层级与证据。