单端双端读长与插入片段

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：官方平台资料与原始研究核对；原理及判读，未执行湿实验或平台测序。

双端是读同一片段两端，片段长度决定重叠和间隔，PE150不等于连续300碱基。

四个数量

read length是单条读段长度；paired-end在同一文库分子两端读出R1/R2；插入片段长度描述目标分子范围；整条文库长度还可能含接头。不同报告对insert或fragment的定义需核对。

PE150通常指两端各读150碱基。短插入片段可产生重叠，长片段中间可能未直接读到；简单连接两端会制造未测得的连续序列。

对指标和分析的影响

双端提供方向、间距和比对约束，一对read却不是两个独立原始分子。重叠区域按两条read分别计深度，与按分子合并重叠的口径不同。

片段短于读段时可能读到接头；剪切需结合结构。mate-pair与普通paired-end的制备和方向也不应混称。

算例

40个独立片段，各120 bp、两端各75 bp，重叠30 bp。直接累加测序碱基6000 bp，按原始分子合并重叠只覆盖4800 bp。这里只因两端覆盖整段，合并覆盖才恰好等于片段跨度；有中间空隙时不成立。

更多见人工区间贯通测序指标。定义依据：Illumina单双端。