体细胞VAF纯度污染与PoN

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方文档与方法核对；专业命令为模板，本轮未执行该流程。

低样本内等位比例、低群体频率和低突变细胞比例不是同一个量。

VAF如何形成

若ALT支持10条、有效总支持100条，观测VAF是0.1。它同时受到拷贝数、样本组成、分子抽样、测序错误及比对偏差影响；不能直接写成10%的细胞发生突变。低群体AF则描述人群或群体里的频率，是另一个分母。

输入各有什么用

信息	主要作用	不能替代什么
配对正常样本	帮助区分胚系背景与样本特异事件	不能保证所有误差自动消失
PoN（正常样本面板）	反复技术伪影等过滤线索	不是同一个体的配对正常
胚系群体资源	辅助已有胚系等位先验/过滤	不代表本物种全部变异
纯度、整体倍性与局部CN	解释样本混合及等位比例	不等于原始read VAF
污染与方向偏差信息	评估混入及文库伪影	不构成通用低频检出限

资源和模型需匹配物种、参考和实验。低VAF真实检测要独立评价错误背景和可检出范围，本轮未执行体细胞调用。操作入口体细胞与低频变异分析边界；Mutect2官方文档。