体细胞与低频变异分析边界

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方文档与原始研究核对；专业检测命令为模板，未执行完整真实数据流程。

低频等位证据需要考虑误差、污染与样本组成，不能把生殖系0/1规则直接用于体细胞。

先确认场景

肿瘤/正常配对、嵌合、混样或其他低频目标的生成机制不同。reads中ALT比例不直接等于突变细胞比例；拷贝数、纯度、测序偏差和污染都会影响。更高深度也不自动消除系统错误。

Mutect2最小衔接模板

下面用于展示调用→方向模型→过滤的接口，未执行。BAM中的样本名应核对，NORMAL是待替换的正常样本名：

gatk Mutect2 -R ref.fa -I tumor.bam -I normal.bam -normal NORMAL \
  --f1r2-tar-gz f1r2.tar.gz -O somatic.raw.vcf.gz
gatk LearnReadOrientationModel -I f1r2.tar.gz -O orientation-model.tar.gz
gatk FilterMutectCalls -R ref.fa -V somatic.raw.vcf.gz \
  --ob-priors orientation-model.tar.gz -O somatic.filtered.vcf.gz

真实流程还需按设计处理匹配的germline resource、PoN、污染估计和可检测区域等；不能把这三条命令当所有质量控制完成。保留Mutect2的stats等伴随文件，核对所用版本过滤步骤需要的输入。配对正常与群体正常资源回答不同问题。

提取与解释

检查过滤状态、样本级AD/DP/AF及头部定义；记录比较方向与正常样本证据。FORMAT/AF若是reads等位比例，不要用fill-tags计算的群体等位频率代替。没有一条正常VCF记录不能独立证明体细胞来源。

低频检出限需要数据和验证设计支撑，本轮人工杂合案例不评估它。继续变异质量基因型质量与等位平衡、变异评估真值集合与可检测区域。完整参数与资源见GATK体细胞教程。

本轮整理入口

体细胞VAF纯度污染与PoN解释输入及不同分母，模型选择先于过滤阈值。本轮未执行真实体细胞调用。