代谢组注释定量与多变量分析 - SpiralKernel/bioinfo-wiki GitHub Wiki

代谢组注释定量与多变量分析

更新:2026-10-14;状态:可用;验证范围:原始研究和官方资料核对;方法说明,未运行完整专业分析流程。

分子注释、定量质量、单变量差异和多变量预测需分别验证,分离图不等于可靠模型。

特征不是唯一化合物

m/z、保留时间、碎片与标准品提供不同鉴定证据。加合物、同位素和异构体可能让多个特征对应相同分子或一个特征对应多种解释,先保存注释层级再做生物学推断。

定量与单变量

检查内标、空白、QC、漂移、检测限、缺失与归一化。峰面积通常不是自动可跨样本比较的绝对浓度;变换和检验需符合分布、配对及批次。

多变量

PCA是无监督方差表示,PLS-DA/OPLS-DA使用标签。训练数据上漂亮分离不证明泛化;特征选择、缩放和调参必须在训练范围,评价按供体/批次等部署设计。

置换应重做需要学习的完整分析步骤,并符合交换规则;只在已用标签挑出的特征上打乱最终分类标签不能消除筛选泄漏。VIP不是因果或独立显著性证明。

本页未运行多变量软件。统计入口见数据泄漏与交叉验证、分类指标ROC与PR曲线。鉴定报告依据:MSI标准,证据见蛋白质组与代谢组验证设计。