亲缘近交与ROH分析

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：原始研究和官方资料核对；方法说明，未运行完整专业分析流程。

相同基因型、共同祖先和纯合片段是相关但不同概念，近交估计需指定参考与可用长度。

关系与相同状态

IBS表示相同等位状态，IBD强调来自共同祖先。GRM、系谱关系与IBD片段各依赖不同信息；群体结构和等位频率基准影响关系数值，不能把任意高相似度都称近亲。

ROH是连续纯合片段的相应定义；长短片段可携带不同历史尺度的信息，但长度解释依赖重组、标记密度和算法，不应固定换算成某个确切祖先代数。

FROH和参数

FROH通常以满足规则的ROH总长除以定义的可分析常染色体长度。分母、重叠、最短长度、SNP数、间距、允许缺失/杂合和技术平台都会改变估计。

稀疏芯片、低覆盖和参考缺口可能产生或打断片段。极少杂合也可能来自样本/分型问题；必须先做质控。

使用与报告

结合系谱、亲缘矩阵和样本来源检查，保存ROH区间、长度分类、参数和分母。育种选择还要考虑相同遗传基准，不能直接跨平台比较F值。

本页未运行ROH软件。入口：PLINK 1.9 ROH说明、PLINK 2关系说明。概念见亲缘关系与遗传关系矩阵、有效群体大小漂变与近交。