亲缘关系与遗传关系矩阵

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：文档核对；操作需按所用环境验证。

样本之间的遗传相关性可以用矩阵表达，但不同估计量的尺度和假设需要分别说明。

矩阵中有什么

一个 n×n 矩阵以样本为行列，对角与非对角元素描述自身与样本间的关系。谱系亲缘、IBS、IBD、kinship 系数和标准化基因组关系矩阵不是可随意互换的名称。

常见的标准化关系矩阵可写为 K = ZZᵀ/m，其中 Z 是按位点中心化和尺度处理的基因型矩阵，m 是位点数。实现还会受频率估计、缺失处理、位点权重和筛选影响。

实践边界

比较软件输出时先查定义、样本顺序及尺度，不直接套用另一估计量的阈值。PCA 可能被近亲家系主导；有家系的数据要同时考虑结构探索和线性模型与混合模型。

核对矩阵是否对称、是否存在重复样本、行列名是否一致，必要时检查特征值与数值稳定性。

详细定义见 PLINK 关系矩阵说明和 GEMMA 方法论文。

对应方法与深入

亲缘近交与ROH分析解释输入条件和适用边界；软件运行步骤与方法假设一起核对。