Sniffles长读长结构变异实践

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：Sniffles2.8.1人工DEL/INS、SNF、force及格式兼容实测；真实物种/mosaic未测。

Sniffles相应模式从长读长比对发现SV，群体模式与已知位点分型需要不同输入。

输入与准备

按Sniffles官方说明固定版本和安装环境，确认sniffles --help。准备PacBio/ONT对应的比对BAM/CRAM及索引、样本信息和相同参考；注意长reads分裂/补充比对及原始比对设置。

本页模板按Sniffles2整理；本轮Sniffles2.8.1已在人工长读长贯通SV调用与评估实际运行。真实物种、mosaic及其他复杂类型未测。软件、参考、覆盖和平台参数需跟随所选版本记录。

单样本与群体模板

sniffles --input S01.bam --reference ref.fa --vcf S01.sv.vcf --snf S01.snf
sniffles --input S02.bam --reference ref.fa --vcf S02.sv.vcf --snf S02.snf
sniffles --input S01.snf S02.snf --vcf cohort.sv.vcf

SNF包含群体模式需要的中间信息，不是VCF文件改后缀。参考有助于相应序列输出；群体结果仍需核对样本、缺失、类型和分型质量。

已知位点的再分型

sniffles --input S01.bam --genotype-vcf known.sv.vcf --vcf S01.regenotyped.vcf

这里评估已知集合，不等于无偏发现全部新事件。输出事件可能以符号或序列表示，先读头部，再按按类型提取SNPIndel与结构变异操作；缺失不填参考。

检查点

分类型和大小看支持与质量，回查复杂区域和候选reads，按变异评估真值集合与可检测区域评估。非生殖系模式是另外的假设，不能凭低频就套用默认二倍体解释。原理见结构变异检测的读对分裂读段与组装，原始论文：Sniffles2。

本版实测问题

人工小参考需--all-contigs；固定样本ID并在群体步骤传匹配参考。SNF群体调用的R01保留缺失，未强制填0/0。

本机2.8.1 force原生文件出现FORMAT键数及继承样本表头问题，案例保留raw与严格受限.compat副本，并记录已知版本、原名/新名和SHA。force的INFO支持可继承候选，读取当前样本FORMAT证据；GQ=0不作为可信阴性。完整操作只维护在人工长读长贯通SV调用与评估。