RNA-seq从FASTQ到基因计数

更新：2026-10-15；状态：可用；验证范围：官方资料与方法核对；本页上游或扩展软件流程未执行。

根据建库、reads布局和参考资源选择比对或定量路径，为差异分析提供来源明确的计数。

两条常见路径

基因组剪接比对→基因计数，例如STAR剪接比对与RNA比对指标接featureCounts基因计数与链方向；或转录本定量→基因汇总，例如Salmon定量与tximport基因汇总。路径不同，计数与长度处理约定也不同，不应混合列拼成一个未经说明的矩阵。

每个阶段的检查点

阶段	核对内容	保存产物
实验与FASTQ	生物学重复、单双端、链、UMI、样本ID	样本表、数据来源与校验值
原始质控	碱基质量、接头、污染及文库特殊性	QC报告、采用或不采用修剪的理由
比对/定量	参考和注释、索引、library type、多重比对	日志、命令、分配统计
汇总	gene/transcript ID、单位、歧义规则	原始矩阵、映射表、未匹配清单
模型入口	样本对应、过滤、设计可估计性	已核对输入及分析计划

UMI文库是否需要分子去重、3′计数能否沿用常规全长假设，都要按实验技术判断。只凭重复率不能随意去除真实高表达信号。

本页为流程指南，未重跑真实FASTQ；原生R实测从airway已有计数开始。生产流程可参考nf-core/rnaseq，版本和参数应固定后再使用。继续到RNA计数矩阵与样本表核对。