微生物组组成差异与多样性方法

更新：2026-10-14；状态：可用；验证范围：原始研究和官方资料核对；方法说明，未运行完整专业分析流程。

相对丰度、样本距离和差异丰度模型有不同目标，测序量不等于绝对微生物量。

组成约束

相对丰度总和固定，一种成分增加会改变其他成分的比例，即使其绝对量不变。对数比方法还需处理零值及参考定义，不能任意填小常数后不做敏感性检查。

ANCOM-BC2等方法以相应模型处理差异丰度和偏差，仍需满足设计、检测和可识别性要求。不要把模型名称当成对所有零值、稀少样本和污染的自动解决。

多样性与距离

alpha多样性比较样本内指标，beta多样性按选定距离比较样本关系。Bray–Curtis、UniFrac和组成距离表达不同信息；坐标图只是距离的表示，不是独立显著性证据。

PERMANOVA依赖置换设计，组内离散差异也影响解释。重复供体和匹配样本需要相应限制，不宜全局乱序。稀释、变换与统计目标需分别说明。

报告

保留原始计数、分母、注释版本、污染/空白、测序覆盖、距离和模型、协变量、置换和校正。验证见微生物组差异与验证设计，基础见ASV与微生物多样性。

本页未运行实际模型。依据：ANCOM-BC2教程、QIIME 2归档版距离检验。