Directory structure - Snitkin-Lab-Umich/nanoQC GitHub Wiki

results/
└── {prefix}/
    ├── filtlong/
    │   └── {barcode}/
    │       └── {barcode}.trimmed.fastq.gz
    ├── nanoplot/
    │   └── {barcode}/
    │       ├── {barcode}_preqcNanoPlot-report.html
    │       ├── {barcode}_postqcNanoPlot-report.html
    │       └── {barcode}_postqcNanoStats.txt
    ├── flye/
    │   └── {barcode}/
    │       ├── {barcode}_flye.fasta
    │       ├── {barcode}_flye_circ.fasta
    │       └── assembly_info.txt
    ├── medaka/
    │   └── {barcode}/
    │       ├── {barcode}_medaka.fasta
    │       └── {barcode}_medaka_wo_circ.fasta
    ├── prokka/
    │   └── {barcode}/
    │       └── {barcode}_medaka.gff
    ├── quast/
    │   └── {barcode}/
    │       ├── {barcode}_flye/
    │       │   └── report.txt
    │       └── {barcode}_medaka/
    │           ├── report.txt
    │           └── transposed_report.tsv
    ├── busco/
    │   └── {barcode}/
    │       ├── {barcode}.medaka/
    │       │   └── busco_medaka.txt
    │       └── {barcode}.flye_assembly/
    │           └── busco_flye_assembly.txt
    ├── mlst/
    │   └── {barcode}/
    │       └── report.tsv
    ├── skani/
    │   └── {barcode}/
    │       └── {barcode}_skani_output.txt
    └── {prefix}_report/
        ├── {prefix}_nanoplot_results.csv
        ├── {prefix}_quast_results.csv
        ├── {prefix}_Skani_report_final.csv
        ├── {prefix}_mlst_results.csv
        └── {prefix}_report.csv   ← **Final QC summary file**