Directory structure - Snitkin-Lab-Umich/nanoQC GitHub Wiki
results/
└── {prefix}/
├── filtlong/
│ └── {barcode}/
│ └── {barcode}.trimmed.fastq.gz
├── nanoplot/
│ └── {barcode}/
│ ├── {barcode}_preqcNanoPlot-report.html
│ ├── {barcode}_postqcNanoPlot-report.html
│ └── {barcode}_postqcNanoStats.txt
├── flye/
│ └── {barcode}/
│ ├── {barcode}_flye.fasta
│ ├── {barcode}_flye_circ.fasta
│ └── assembly_info.txt
├── medaka/
│ └── {barcode}/
│ ├── {barcode}_medaka.fasta
│ └── {barcode}_medaka_wo_circ.fasta
├── prokka/
│ └── {barcode}/
│ └── {barcode}_medaka.gff
├── quast/
│ └── {barcode}/
│ ├── {barcode}_flye/
│ │ └── report.txt
│ └── {barcode}_medaka/
│ ├── report.txt
│ └── transposed_report.tsv
├── busco/
│ └── {barcode}/
│ ├── {barcode}.medaka/
│ │ └── busco_medaka.txt
│ └── {barcode}.flye_assembly/
│ └── busco_flye_assembly.txt
├── mlst/
│ └── {barcode}/
│ └── report.tsv
├── skani/
│ └── {barcode}/
│ └── {barcode}_skani_output.txt
└── {prefix}_report/
├── {prefix}_nanoplot_results.csv
├── {prefix}_quast_results.csv
├── {prefix}_Skani_report_final.csv
├── {prefix}_mlst_results.csv
└── {prefix}_report.csv ← **Final QC summary file**