General

ConvertDump zet de dump-files van het hoofdprogramma om in een vorm, die ingelezen kan worden door JMol.

Syntax

./ConvertDump what input output solute DMSO [A B]

• what: welke omzetting?
• input: dump file of boxfile van MonteCarlo
• output: output file van het programma
• solute: het bestand met de solute-molecule
• DMSO: het bestand met de DMSO-molecule

Indien what == 2:

• A: atoom van de solute
• B: atoom van de DMSO

WHAT

0 / 1: XYZ generation

Maakt een leesbare XYZ file voor gebruik in JMol en anderen. Indien 0 zullen de waterstoffen van de DMSO-moleculen niet afgedrukt worden. Bij een waarde van 1 zullen alle waterstoffen mee afgedrukt worden.

2: Minimal distance calculator

Extraheerd de minimale afstand tussen een bepaald atoom van alle DMSO-moleculen en een bepaald atoom van de solute-molecule.

Output: Timestep Molecule Afstand