Old SOPs - LangilleLab/microbiome_helper GitHub Wiki

Amplicon sequencing data

• 16S Bacteria/Archaea SOP v1
• 18S Eukarya SOP v1
• ITS2 Fungi SOP v1
• 16S/18S/ITS SOP v1 Detailed Resources
• PacBio Amplicon SOP v1
• Amplicon SOP v2 (qiime2 2018.6)
• Amplicon SOP v2 (qiime2 2018.8)
• Amplicon SOP v2 (qiime2 2019.7)
• Amplicon SOP v2 (qiime2 2019.10)
• Amplicon SOP v2 (qiime2-2020.8)
• Amplicon SOP v2 (qiime2-2022.11)
• Amplicon SOP v2 (virtual box workflow)

Shotgun metagenomics sequencing data

• Metagenomics SOP v1
• Metagenomics SOP v2