基本的にはスタジオMODでのモデル上書きと同じです
なので相違点のみ抽出して解説します

衣装データに２つのモデルデータが必要

衣装用の.unity3dファイルを見てみると
Animeterタブに_lowという名前の項目があります

これはローポリ用の衣装で、主にゲーム本編の学園モードで使用されます
_lowがついていない方はハイポリ用のモデルです
Hシーンやスタジオなどではこちらが表示されます
ローポリ用のモデルデータがないと正常にMODが表示されない場合があります

着衣、半脱ぎそれぞれにモデルデータが必要

先述の通り基本的にはスタジオMODでのモデルの上書きと同じ手順ですが
衣装の枠によっては、着衣と半脱ぎで別のモデルデータを使っている場合があります
その際には両方のモデルデータを用意して、それぞれ上書きしましょう
n_top_a n_bot_a が着衣状態で
n_top_b n_bot_b が半脱ぎ状態になります

上書きオプションについて

上からMerge Replace CopyNearest Submeshの上書きだと
上書きされるデータのボーン、ウエイトの設定が上書きするデータに大まかにコピーされます
もしボーン、ウエイトを設定しているモデルデータを上書きしたいときは
上からReplace Replace Replace SubmeshでOKを押すと完全に上書きされます
スタジオMODではあまり出番がありませんが、衣装MODだと時々使います