ボーン　ウエイトとは

個人的解釈になりますが、
ボーンとは各メッシュを動かすための骨のようなもので ウエイトとは骨にどれくらい肌（メッシュデータ）が引っ張られるかを決めるものだと考えています

blenderでのウエイト編集

blenderでは左上編集モード選択からウエイトペイントを選ぶことでウエイト編集モードにすることができます

各ボーンごとにウエイトを設定する必要があります
ボーンの選択は頂点グループ（画像矢印）から目的のボーンを選択できます
ウエイトは赤に近いほどボーンの影響を大きく受けることになります （画像赤丸参照）

ウエイトがないとどうなるの？

一切ウエイトを設定していないと、その部分のメッシュが消えてしまいます
今回試しに全くウエイトを設定していないキューブを左腕先に着けてみました
衣装部分はコイカツのデータをそのまま持ってきているので、ウエイト設定もそのままです

この状態でFBX保存して、SB3Uで完全上書き（上からReplace Replace Replace Submesh）をしてみましょう
以下がキャラメイク中の画像です

はい、キューブがありませんね
これはついていくべきボーンが見当たらないので消えてしまったというのが個人的解釈です

手動でウエイトを設定する

ではキューブにウエイトを設定してみましょう
blenderでウエイト編集モードにしてキューブにウエイトを設定してみます
今回は左手のボーンでウエイト設定しました (cf_d_hand_L)

ではFBX保存してSB3Uで完全上書きしてみましょう 以下キャラメイク中の画像です

無事表示されました、ポーズを変更しても腕についていってくれます

自動でウエイトを設定する

モデルの上書きでも軽く触れましたが、ある程度のボーンウエイト設定はSB3Uでコピー可能です
キューブにウエイトを一切設定していないFBXファイルを.unity3dファイルにSB3Uで上書きしてみましょう
上書きオプションは上からMerge Replace CopyNearest Submesh　です
MOD化してキャラメイク内で見てみましょう
無事表示されますね（画像使いまわしではないですよ！）
注意点として、自動設定だと時々胸を巨乳にするとメッシュが崩れたり、絶妙な位置にあるメッシュのウエイトが意図しない設定になったりするので
そうなった際は手動への切り替えをお勧めします

SB3Uにボーン情報を登録

自作モデルをSB3Uに上書きの際に下メッセージウインドウにエラーの原因として、「○○○って名前のボーンがないよ！」みたいなログがあるかと思います。

そのままの意味で、Blenderで設定したボーンの名前がまだ.unity3dファイル内に登録されていないって意味です

これを回避するには、まずボーンの登録をする必要があります
SB3Uで上書き先の.unity3dファイル、3Dモデルファイルを開いてください
ここで「InportedFrame」以下のボーン情報が入っているグループ（画像だと「アーマチュア」）を
メッシュデータが入っている階層（画像だとMain_data）と同じ階層になるようにD&Dしてください（今回の例だとN_Move）

この操作の後にFBXメッシュを上書き操作すると私の環境では上書きすることができました
アクセサリの場合はキャラメイクの際に位置、角度、拡大縮小の原点となるボーンを指定する必要があります

ボーンの登録、メッシュの上書きをした後、SkinnnedMeshRendererを開き
RootBoneを原点にしたいボーンにしてください
正常に設定されない場合は、原点にするボーンを別のものに変えてみてください

こうして追加したボーンにダイナミックボーンを設定することで
リアルタイムに動くメッシュを作ることができます
こちらについてはカエルchan様が分かりやすい解説記事を投稿されていますので
そちらのリンクの紹介をさせていただきます
https://twitter.com/i/events/1040789151497375745