シミュレーションに結合された粒子サンプラ、対話ノード上で動作するデーモン、そしてユーザ PC上の PBVR クライアントが連携することで、バッチ処理されるシミュレーションが対話的に可視化される。 これを実現するためには、幾つかの簡単な設定とポートフォワード接続が必要になる。

デーモンと粒子サンプラは以下に示す環境変数を利用しており、実行時にはexportコマンドで環境変数を設定する必要がある。

環境変数名	説明
VIS_PARAM_DIR	伝達関数ファイル（可視化パラメータ）の配置されるディレクトリ※1
PARTICLE_DIR	疑似シュミレーションコードが粒子データを出力するディレクトリ※1
TF_NAME	伝達関数のファイル名（拡張子は含まない）※2

※1 指定が無い場合、デーモンおよび粒子サンプラは各々が実行されているカレントディレクトリを検索する。
※2 指定が無い場合、デーモンおよび粒子サンプラは伝達関数名として default.tf を採用する。

粒子サンプラがシミュレーション結果のボリュームデータを可視化用粒子データに変換する際に、伝達関数や可視化する物理値のレンジ、画面解像度等の可視化パラメータが必要とされる。 可視化パラメータはその各項目が伝達関数ファイルの中にタグベースで記述される。 ユーザはソースパッケージの Example の中に格納してあるdefault.tfを初起動時の伝達関数ファイルとして利用できる。 In−Situ PBVR を実行するために、ユーザは伝達関数ファイルを環境変数VIS_PARAM_DIR で指定されるディレクトリに TF_NAME で指定されるファイル名で配置する必要がある。 ユーザはデーモンと PBVR クライアントを起動することで GUI により伝達関数ファイルの内容を編集できる。 環境変数で指定された伝達関数ファイルはデーモンに読み取られ、PBVR クライアント上に内容表示され、編集後上書きされる。