MSBuild をコマンドラインから実行する - ArtefactGitHub/I_T_iOSPractice GitHub Wiki

https://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/dd393574.aspx
https://blog.fenrir-inc.com/jp/2017/04/xamarin-msbuild.html

Msbuild /p:Configuration=AdHoc_Debug /p:Platform=iPhone /p:BuildIpa=true ./PracticeOpenGL.sln /t:Rebuild

ビルド構成でその他設定済みなので、書き換えたいオプションが無い限り上記コマンドで十分。
Fastlane では、MSBuild のプラグインを入れれば、ビルド構成を指定するだけで目的は果たせると思われる。