WinClean peut être exécuté en mode console (sans GUI) en exécutant WinClean.exe avec des arguments.

Syntaxe de la ligne de commande :

Les noms d'arguments sont insensibles à la casse.

Syntaxe de la ligne de commande :

Argument	Description
--ListScripts	Lister tous les scripts disponibles.
-v Verbose/Info/Warning/Error/Critical, --LogLevel=Verbose/Info/Warning/Error/Critical	Niveau de journalisation. Les valeurs sont insensibles à la casse (valeur par défaut: Info)
--RunScripts="capability1" "script1" "capability2" "script2" ...	Exécute une liste de scripts. Les noms de scripts et de capacités sont sensibles à la casse et suivent les règles de comparaison de chaînes ordinales.
--help	Afficher l'écran d'aide.
--version	Afficher les informations de version.